Khu đô thị Santa Cruz del Rincón nằm ở đầu nguồn sông Marquelia nơi chuyển tiếp giữa Costa Chica và Sierra Madre del Sur nằm phía đông Guerrero.[4] Phía bắc giáp Malinaltepec, phía đông bắc giáp Iliatenco, phía nam và tây giáp San Luis Acatlán. Điểm cao nhất của Santa Cruz del Rincón 1.763 mét (5.784 ft) so với mực nước biển nằm trên giao điểm ranh giới với Malinaltepec và Iliatenco tại Cerro Ardilla.[5] Tổng diện tích 89,55 kilômét vuông (34,58 dặm vuông Anh). Từ năm 2011, 23,8 kilômét vuông (9,2 dặm vuông Anh) phía đông đường cao tốc chính Bắc-Nam trở thành Khu bảo tồn tình nguyện.[6]

Santa Cruz del Rincón có khí hậu ôn đới dưới ẩm, mưa nhiều vào hè. Nhiệt độ trung bình dao động từ 22 và 26 °C (72–79 °F).[7]